El municipio está enclavado en la parte noroeste del Estado de Sonora, colinda al norte con Átil, al sureste con el municipio de Opodepe, al este con los municipios de Santa Ana y Benjamín Hill, al oeste con el municipio de Pitiquito y al noreste con el municipio de Tubutama.

Cuenta con una superficie de 3,764.26 kilómetros cuadrados y las principales localidades además de la cabecera municipal son Los Fresnos y El Ocuca.

Principales Atractivos Turísticos

La zona arqueológica de Trincheras entre lo ríos Magdalena, Altar y Concepción, tiene el monumento arqueológico más importante de Sonora: muros de roca con forma de terrazas que se cree eran utilizados para defenderse en caso de ataques de tribus bélicas.

Historia

San Rafael del Alamito fue una villa que se asentó a mediados del siglo pasado por gente presuntamente venida de la ciudad de Álamos Sonora, y que buscaba la manera de llegar a tierras de California en busca de oro. Este asentamiento fue a los márgenes del río Magdalena; se dedicaban a sembrar, criar ganado y en trabajos de placer, en los minerales cercanos.

Fue en 1908 cuando aproximadamente tuvieron que abandonar la villa debido a las constantes inundaciones, dirigiéndose hacia la parte sur, donde se ubica el cerro denominado “Trincheras” construcciones que hasta la fecha no se ha determinado por quien fueron construidas. Aunado a ello, la cultura Pima Alta dejó vestigios de su existencia en la región del Ocuca y La playa.

El municipio de Trincheras formó parte de la antigua Pimería Alta, notificando su existencia los relatos de los conquistadores que pasaron atraídos por la leyenda de las siete ciudades de Cíbola, cuya riqueza en oro era incalculable.

Se erigió como municipio el 28 de abril de 1916, incorporado al municipio de Pitiquito el 26 de diciembre de 1930 y rehabilitado el 22 de diciembre de 1934. 
     
Agricultura se desarrolla en una superficie de 4,440 hectáreas. Cuenta con 94 pozos para uso agrícola, 10 kilómetros de canal revestido, 4 en el ejido Trincheras y San Rafael y 6 kilómetros en la región del Ocuca.

Ganadería se desarrolla en una superficie de 350,000 hectáreas y una población animal de más de 21,000 cabezas de ganado bovino, existen 99 pozos para uso de abrevadero.